但是，對于上述規定的可行性，質疑聲音漸起，原因是目前從法律定義上“轉基因食品”概念沒有規定。轉基因食品標識的規定，最大可能是陷入有法難依的尷尬境地。
原衛生部曾經出臺《轉基因食品衛生管理辦法》，規定食品產品中(包括原料及其加工的食品)含有基因修飾有機體或/和表達產物的，要進行標注。但該管理辦法已于2007年12月1日廢止。目前，只有農業部頒發的《農業轉基因生物標識管理辦法》，但僅規范了轉基因生物的標識。
實際上，上述兩管理辦法對轉基因標識都是“零容忍”，采用“包含既標注”的原則，即只要有任何一個環節加入轉基因產品，都要標識。從目前已有經驗看，“零容忍”的轉基因強制標識制度不具經濟上的可操作性，如果嚴格執行“包含既標注”，那么中國一夜之間會冒出許多需要標識的轉基因產品：市面上的木瓜九成以上是轉基因的;很多進口食品、可樂等飲料中都含轉基因玉米成分;用轉基因大豆油制作的食品、烹飪的菜肴等都應該標識。
而且，標識將產生成本，消費者很快就會嘗到食品價格抬升的后果。歐盟和日本早前在轉基因標識上都遇到過相同問題，應對的辦法就是不斷修改標識法，放松監管標準。根據原中國農科院水稻所生物工程系主任王大元統計，目前全球約有90個國家制定了轉基因標識法。其中，美國、阿根廷無需標識，歐盟含轉基因成分0.9%以上需要標識，日本、韓國各為5%、3%以上含量需要標識。
美國至今未強制要求轉基因標識。在美國，轉基因食品的安全性和標識問題歸國家食品和藥品監督管理局(FDA)管。FDA的觀點是，轉基因食品和傳統食物并沒有實質性的區別，即“實質等同”原則，沒有必要給轉基因食品貼標簽。因此，即使有些國家實施轉基因標識，也不意味著轉基因產品有安全性問題，而主要以保護消費者的知情權為出發點。
在滿足公眾知情權同時，不應留下選擇性執法和監督的空間。全國人大常委會委員周天鴻擔憂，將來就會出現選擇性執法，監管部門想查誰就查誰，企業之間不正常競爭也可以鉆這個法律空子。
未來，中國對轉基因食品標識管理應該進行調整，“零容忍”難以為繼，出路有兩條，要么限量標識，要么不標識。
